企业处理劳动纠纷的方法：
1、根据有关法规规定，诉讼时效是从劳动争议发生之日起开始计算，当劳动者就报酬被拖欠、克扣与雇佣方发生纠纷时，有关方面判断争议发生的时间，不能简单地把“发薪日未发薪”视为争议发生之日，而应以劳动者追索被拒绝之日算起，以避免不法单位借助“时效”来逃避法律责任。
2、企业辞退、解聘或开除严重违反规定的员工本是正常现象。但由于一些企业开具的处理意见书中使用的是人力资源部门的印章，而不是具有法人资格的单位印章，结果被部门认定为无效;用人单位变动员工工作岗位未进行转岗培训，员工拒绝服从安排，从而引发劳动争议，仲裁部门因为用人单位没有履行相关程序而认定其决定无效。上述现象在国内许多企业都存在。这就告诉用人单位：企业在处理劳动纠纷、争议时应依法进行，否则将会形成无效处理意见，无法及时处理犯错误的员工，还白白浪费了精力和时间。
3、企业在处理劳动纠纷、争议过程中容易忽略的法律问题还有：处理证据不充分，缺少有力证明;忽视处理时效性规定和处理书送达手续不完善等，以上任何一个方面的疏忽都可能导致企业处理意见无效。企业处理劳动纠纷、争议留有法律“漏洞”的现象说明，一些企业处理员工存在随意性，没有充分重视员工的辩驳权利，以为劳动纠纷争议处理仅是企业内部管理问题，而没有意识到必须依照法律规定程序严格执行。企业如果继续忽视这些问题，被处理员工依据法律规定要求仲裁，不仅人力资源管理无法正常进行，而且企业的声誉也会受到损害。