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值税一般纳税人取得合法有效的增值税扣税凭证，应当在开具之日起180日内到税务机关办理认证或申请稽核比对，并在通过的次月申报抵扣进项税额，否则即视为逾期发票。
《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2011年第50号)规定，增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。
该文件明确“对于增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。”客观原因包括如下类型：
(一)因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期;
(二)增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期;
(三)有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期;
(四)买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期;
(五)由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期;
(六)国家税务总局规定的其他情形。
上述逾期未抵扣增值税扣税凭证针对的是2007年1月1日以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和货物运输业增值税专用发票。该企业丢失发票属于增值税专用发票，符合该项条款要求。
公告同时强调导致增值税扣税凭证逾期抵扣必须属客观原因而非企业主观所致，且文件列举了六类情形。此次前来咨询的企业丢失扣税凭证是由台风灾害所致，与文件所列客观原因相符。
根据公告所附《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》中规定，纳税人在申请办理逾期抵扣时，应报送如下资料：(一)《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》;(二)增值税扣税凭证逾期情况说明。(三)客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。(四)逾期增值税扣税凭证电子信息;(五)逾期增值税扣税凭证复印件。申请逾期抵扣的企业必须依据规定程序逐级递交资料，不得越级上报，提供的资料应当详尽完整，交易内容应当真实合理，相关第三方证明或者说明应当逻辑一致、内容相符。该纳税人因自然灾害导致扣税凭证逾期，在提供逾期说明时应当详细阐述自然灾害发生的时间、地点、对公司生产经营造成的实际影响，同时在提供扣税凭证复印件时，应当在备注栏注明“与原件一致”，加盖企业公章，发票复印件需裁剪成与原发票大小一致，以便认证稽核比对。
经主管税务机关审核，逾期申请逐级递交至国家税务总局，由国家税务总局“对逾期增值税扣税凭证信息进行认证、稽核比对，对资料符合条件、稽核比对结果相符的，通知省税务机关允许纳税人继续抵扣逾期增值税扣税凭证上所注明或计算的税额”。主管税务机关对该项申请保留事后检查权，若存在虚假伪造情况，一经发现，可责令纳税人将已抵扣的进项税额即刻转出，同时根据税收征收管理法实施相应的处罚措施。
由于该项申请流程较为复杂，耗时较久，建议纳税人在日常生产管理中做好增值税扣税凭证的管理与保管，可定时登录增值税发票查询平台，查阅未认证发票记录或登录网上申报平台查看《增值税专用发票存根联滞留管理系统》，推送提醒的企业超过90天滞留未认证增值税扣税凭证信息，防范发生逾期未抵扣的情况。